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Il y a 4 jours
Les preprints : 10 règles simples pour comprendre une anomalie, car les preprints ne sont jamais imprimés !

Dans la série d'articles de PLOS Computational Biology, vient de sortir en mai 2017 : "Ten simple rules to consider regarding preprint submission". Très utile pour bien comprendre un phénomène ancien en physique (1991) mais tout nouveau en biologie (2016).

La définition est simple : c'est un article qui n'a pas encore été publié dans une revue scientifique. Le contenu de la recherche devient public. Parfois, c'est un article rejeté, ou accepté mais pas encore pubié. Voir en fin de billet la description complété. Débuté en 1991, en physique (1 275 000 preprints sur arXiv en juin 2017), le phénomène preprints devient commun en sciences de la vie.

  1. Les preprints accelèrent la dissémination des recherches (il faudrait environ 9 mois entre soumssion et publication)
  2. Les preprints doivent avoir une licence de réutilisation, et CC-BY est suggéré (réutilisable si la source est citée)
  3. Les preprints permettent de prendre date car une date de soumission est donnée sous 24 à 48 heures
  4. L'exclusivité est préservée... pas de risque, contrairement aux vols d'idées par des reviewers....
  5. Un contenu qui serait perdu est accessible.. la mise en ligne de données qui ne seront pas publiées est utile, par exemple discussions de données non publiées mais présentées en congrès
  6. 'Preprints' ne veut pas dire mauvaise qualité... pour exemple, des 'JournalClubs' n'analysent que des preprints
  7. Les preprints favorisent l'évaluation rapide de résultats controversés
  8. Les preprints n'empêchent pas la publication ultérieure... et Sherpa/Romeo traçent les politiques des institutions et éditeurs dans le domaine des preprints
  9. Les preprints informent les comités qui allouent des ressources, et participent à la promotion académique
  10. One shoe does not fit all : en fait les registres de preprints contrôlent les contenus avant mise en lige ; il s'agit d'éliminer les analyses baisées (vaccins, climat,..), les articles avec des risques sur la santé, les articles avec des données privées, etc...

La version initiale de l'article que je viens d'analyser a été déposée sur PeerJ Preprints.

Exemple de registres de preprints en biologie : bioRxiv, PeerJ Preprints, Quantitative Biology section within arXiv (depuis 2003), ASAPbio qui a une petite vidéo bien faite, en bon anglais ! J'ai présenté ASAPbio en mai 2016.

Comment traduire preprint en français ? ? Préimpression est la traduction, mais prépublication est pe[...]

Rédaction médicale et scientifique
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Presse médicale
Il y a 57 minutes
ScienceDirect

Publication date: Available online 24 June 2017
Source:NPG Neurologie - Psychiatrie - Gériatrie
Author(s): D. Kobeh, H. Janin, S.C. Regueme, I. Bourdel-Marchasson
Le dépistage systématique des pathologies thyroïdiennes est souvent réalisé à l’admission en hospitalisation mais la prévalence des dysthyroïdies découvertes et les actions thérapeutiques qui en découlent sont mal documentées. L’objectif de notre travail était d’étudier l’utilité du dosage systématique de la thyréostimuline ultrasensible (TSHus) en hospitalisation. Les données ont été recueillies à partir de dossiers consécutifs de patients hospitalisés dans un service de court séjour gériatrique sur une année et ayant eu un dosage de la TSH dans le cadre de leur bilan systématique d’admission. Deux groupes ont été définis puis analysés. Le groupe « dépistage ciblé » était composé des patients présentant, du fait de leurs antécédents thyroïdiens ou de la prise de cordarone, une indication au dosage de la TSH. Le groupe « dosage d’admission systématique » était composé des autres patients. Cinq cent quatre-vingt-six patients âgés de 87±6 ans ont été inclus. Cent quarante-cinq patients étaient inclus dans le groupe « dépistage ciblé », 441 dans le groupe « dosage d’admission systématique ». Dans le groupe « dépistage ciblé », 15 % des patients (n=23) présentaient une anomalie des paramètres thyroïdiens avec 12 situations d’hyperthyroïdie et 11 d’hypothyroïdie. Dans le groupe « dosage systématique », seulement 19 anomalies de la TSH ont été mises en évidence (4 % ; p0,0001), principalement des dysthyroïdies infracliniques (12/19). Trois dysthyroïdies vraies ont été observées dont 2 avaient des manifestations cliniques. Les thérapeutiques mises en place dans le groupe « dosage d’admission systématique » ont été peu nombreuses (2/19) contre 18/23 dans le groupe « dépistage ciblé » (p0,0001). Les 2 cas correspondaient à des hypothyroïdies cliniques symptomatiques. En l’absence de facteurs de risque, les dysthyroïdies mises en évidence par le dosage systématique de la TSH à l’admission en court séjour gériatrique sont peu fréquentes et donnent lieu à peu d’interventions thérapeutiques. Le dosage systématique de la TSH ne semble donc pas nécessaire.Systematic screening for thyroid disease is frequently performed at hospital admission but the prevalence of dysfunction discovered in this way and the subsequent therapeutic action remain poorly documented. The present study aimed therefore to determine the clinical relevance of a systematic blood test for ultra-sensitive thyroid-stimulating hormone (TSH) during hospitalisation. Data from 586 patients (mean age=87±6 yrs) hospitalised in geriatric short-stay unit [...]

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Presse médicale
Il y a 3 heures
ScienceDirect

Publication date: Available online 23 June 2017
Source:Annales de Dermatologie et de Vénéréologie
Author(s): C. Dubois, A.-L. Liegeon, C. Fabbro, F. Truchetet
IntroductionNeisseria meningitidis (NM) est une bactérie commensale présente dans la flore oropharyngée et responsable d’infections invasives. Plus rarement, des localisations génitales ont été décrites. Nous présentons deux cas d’urétrite aiguë à NM.ObservationsDeux hommes de 30 et 31 ans, dont l’un homosexuel séropositif pour le VIH, présentaient un écoulement urétral compatible avec le diagnostic d’urétrite aiguë. Les prélèvements urétraux identifiaient la présence de NM de sérogroupes B et C. L’un des antibiogrammes montrait une sensibilité intermédiaire à la pénicilline G et à l’amoxicilline.DiscussionLa présentation clinique des urétrites aiguës à NM est aspécifique, justifiant la réalisation de prélèvements urétraux devant toute urétrite aiguë. Les urétrites à NM sont peu fréquentes, affectant principalement les hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH). Leur recrudescence s’expliquerait par celle des pratiques sexuelles orogénitales non protégées. L’émergence de résistances de NM impose la réalisation systématique d’un antibiogramme afin d’adapter les stratégies thérapeutiques et prophylactiques. Des cas d’infections invasives à méningocoques de sérogroupe C ont été recensés dans la population HSH avec l’hypothèse d’une porte d’entrée sexuelle. Aussi le Haut conseil de la santé publique recommande-t-il la vaccination contre le méningocoque de sérogroupe C dans cette population.BackgroundNeisseria meningitidis (NM) is a commensal bacteria present in the oropharyngeal flora that causes invasive infections. There have been rarer reports of presence in the genital region. Herein, we present two cases of acute NM urethritis.Patients and methodsTwo men aged 30 and 31years, one of whom is homosexual and seropositive for HIV infection, presented urethral discharge which was diagnosed as acute urethritis. The unit through samples indicated the presence of NM of serogroups B and C. One of the antibiotic sensitivity tests revealed intermediate susceptibility to penicillin G and to amoxicillin.DiscussionThe clinical presentation of acute NM urethritis is non-specific, because of which urethral samples should be taken wherever acute urethritis is suspected. NM urethritis is infrequent and primarily affects men who have sex with men [...]