Presse médicale
Il y a 11 jours
Apport du séquençage nouvelle génération au typage MLST de Pneumocysits jirovecii, dans le cadre d’une épidémie chez des patients transplantés d’organe solide

Publication date: September 2017
Source:Journal de Mycologie Médicale / Journal of Medical Mycology, Volume 27, Issue 3
Author(s): Eléna Charpentier, Cécile Garnaud, Claire Wintenberger, Sébastien Bailly, Jean-Benjamin Murat, John Rendu, Patricia Pavese, Thibault Drouet, Caroline Augier, Paolo Malvezzi, Anne Thiébaut-Bertrand, Marie-Reine Mallaret, Olivier Epaulard, Muriel Cornet, Sylvie Larrat, Danièle Maubon
Le typage par multilocus sequence typing (MLST) permet une caractérisation génotypique précise et reproductible des souches, mais les performances du séquençage Sanger (Sseq) pour la détection de souches minoritaires sont limitées. Or, les infections à différentes souches (infections mixtes) sont fréquentes au cours des pneumonies à Pneumocystis jirovecii (PCP). Le séquençage nouvelle génération (NGS) permet la mise en évidence à la fois des populations minoritaires et majoritaires. Dans ce travail, nous avons étudié l’apport du NGS pour le typage MLST des souches issues de cas groupés (cluster) de PCP chez des patients transplantés d’organe solide (TOS).Trente-deux patients présentant une PCP au CHU Grenoble-Alpes entre 2012 et 2015 ont été inclus. Parmi eux, 12 TOS (rein, cœur, foie, poumons) appartenaient à un cluster observé entre mai 2014 et août 2015 et 20 patients, épidémiologiquement non reliés entre eux, représentaient le groupe contrôle. Une stratégie MSLT à trois loci (mtLSU, CYTB, SOD) a été adoptée, comprenant, pour des contraintes techniques liées au séquençage NGS, de nouvelles amorces permettant l’obtention d’amplicons d’environ 750 pb. Les souches de 12 des 32 patients ont également été analysées par Sseq en parallèle. Les génotypes obtenus ont été nommés arbitrairement car il n’existait pas d’études préalables utilisant des amplicons étendus de 750 pb.Parmi les 12 TOS, 5 partageaient un même génotype majoritaire (C2a), regroupant 3 patients transplantés rénaux, un patient transplanté cardiaque et un patient doubl[...]

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